kako provjeriti kvalitetu rna na agaroznom gelu


Odgovor 1:

Odnos ribosomske RNA od 28S / 18S često se koristi za procjenu kvalitete ukupne RNA pročišćene iz bilo kojeg uzorka.

Evo kako to funkcionira. 28S i 18S rRNA nastaju cijepanjem jednog transkripta RNA kako je prikazano dolje:

Izvor slike:

Funkcionalna dihotomija ribosomskih proteina tijekom sinteze ribosomskih podjedinica sisavaca 40S

Budući da su proizvedeni iz jednog transkripta, omjer broja 28S rRNA molekula i onog 18S molekula prisutnih u stanici jednak je 1.

Međutim, ako želite otkriti te rRNA na agaroznom gelu, intenzitet traka koje proizvode ove molekule ovisi o broju nukleotida prisutnih u svakoj molekuli. U ljudi 28S rRNA ima ~ 5070 nukleotida, a 18S ima 1869 nukleotida, što daje odnos 28S / 18S od ~ 2,7. Visok omjer 28S / 18S pokazatelj je da je pročišćena RNA netaknuta i da se nije razgradila. Obično se uzima odnos 28S / 18S od> 2 da znači da je pročišćena ukupna RNA visoke kvalitete.

Netaknuta naspram razgrađene RNA. Dva µg degradirane ukupne RNA i netaknute ukupne RNA provedeni su pored Ambionove RNA Millennium Markers ™ na 1,5% denaturacijskom agaroznom gelu. Trake 18S i 28S ribosomske RNA jasno su vidljive u uzorku netaknute RNA. Razgrađena RNA pojavljuje se kao razmaz niže molekulske mase.

Izvor slike:

Metode za provjeru integriteta RNA | Životne tehnologije

Odgovor 2:

Imena ribosomskih podjedinica potječu od njihovih

Koeficijent taloženja

, tj. koji sloj završavaju u centrifugiranom lizatu cijelih stanica. Omjer se određuje pomoću

Stokesov zakon

, koja nije linearna, jer je veličina čestice faktor koji određuje njezinu krajnju brzinu tijekom centrifugiranja. Stokeov zakon pretpostavlja i sfernu česticu, što očito nije slučaj za RNA lanac. Općenito, međutim, teže čestice imaju veće vrijednosti, pa se 28S RNA (na 4900 baza) smješta brže od 18S (na 1900 baza).